分类
真核生物、单细胞肠道寄生或共生，许多具有鞭毛。
种属
涉及多种属
易感动物
所有啮齿类动物均易感。下面列出一些易感染的种类，但不包括所有。兔肠道（肝脏） 球虫感染在单独的技术单页讨论。野生捕获的动物身上可能有本文未提及的原生生物。其中有一些有可能是人畜共患的。一般来说， 应该小心贾第鞭毛虫和隐孢子虫。虽然贾第鞭毛虫通常寄生的宿主很有限，并且还没有报道过由实验啮齿动物传染给人类。
带星号的物种被认为是致病性的（虽然一般描述为“轻度的”或是“轻微的”）
沙鼠：
内阿米巴属、贾第鞭毛虫属*、豚鼠三毛滴虫。
豚鼠：
豚鼠肠袋虫属、唇鞭毛虫属、赖氏隐孢子虫、豚鼠艾美球虫*、十二指肠贾第鞭毛虫*、单尾滴虫属、豚鼠三毛滴虫及其他。
地鼠：
隐孢子虫属*、鼠贾第鞭毛虫*、鼠螺旋核鞭毛虫* 和其他微小但数量庞大的原生生物寄生虫
小鼠;
唇鞭毛虫、鼠隐孢子虫*、微小隐孢子虫*、艾美球虫属*、鼠内阿米巴*、鼠贾第鞭毛虫*、鼠六前鞭毛虫、鼠螺旋核鞭毛虫*、毛滴虫、三毛滴虫和其他
大鼠：
唇鞭毛虫、鼠隐孢子虫*、微小隐孢子虫*、艾美球虫属*、鼠内阿米巴*、鼠贾第鞭毛虫*、鼠六前鞭毛虫、类单尾鞭毛虫属、曲滴虫属、鼠螺旋核鞭毛虫*、毛滴虫、三毛滴虫和其他
感染频率
原生动物的感染率在不同种群之间有所不同。大多数致病性寄生虫已经从现代实验小鼠、大鼠和豚鼠种群中根除，但可能存在于地鼠和沙鼠群中。野生和宠物动物的原生动物感染率很高。
传播
肠道原生动物是通过接触感染性包囊。这通常是通过粪口途径。
临床症状及病变
一般来说，原虫感染无相关的临床症状。感染的免疫缺陷动物或严重感染的幼年动物，非特异性症状如消瘦、矮小，弓背或可以看到毛发散乱。动物可能会出现与胃肠道有关的症状， 如腹泻。
显微镜检查，原生动物可能在胃、肠隐窝，在胃肠道的腔内自由存在。由于感染原生动物并与之共生没有后遗症是一种共识，所以作出是原生动物感染的诊断之前，必须排除其他原因导致上面提到的非特异性症状。
诊断
原生动物通常是通过粪便或直接肠道内容物涂片检验诊断。胃肠道中存在的一部分原生动物最好用组织病理学评价。关于原生动物更详细的信息，包括图谱和照片可参考由D. G. Baker. 编著的Flynn’s Parasites of Lab oratory Animals。
对研究的影响
肠道原虫感染通常很少受到关注，因为大多数致病物种已经从现代实验室中被消灭。然而， 新的感染可能说明生物安全出现问题。出现临床症状的动物不适合用于研究，因为肠道的破坏将对大多数研究结果产生影响。如果动物被用于原虫的研究，例如作为人类的原虫感染的模型，它们应该排除所有的原生动物。同样大多数胃肠生理学或胃肠道疾病研究需要动物无原虫感染。
防治
应定期对动物进行原生动物筛查，检疫隔离进入的动物。设施应该有一个允许进入这个设施的原生动物的列表，最大限度减少因特定病原体的净化。一般免疫缺陷动物对任何种类的原虫感染不耐受。应防止野生动物（脊椎动物和无脊椎动物）进入动物设施，因为这些会成为传染源或通过感染的粪便直接传播。
在离开宿主后，感染性原生动物寄生虫存活期及对消毒剂的敏感度不同。一般来说，建议彻底清洁和清除环境中的所有粪便。含氯消毒剂或杀菌剂通常用于后续消毒。高压灭菌可以杀死感染性寄生虫。治疗某些原虫感染是可能的（例如，甲硝唑贾第感染）但不建议。治疗不会从动物身上除去所有的原虫，也不能从垫料或笼子表面去消灭所有污染物。因此，治疗仅可以改善临床症状或在净化前减少寄生虫数量。子宫切除术或胚胎移植是消除肠道原虫感染的有效方法。
References
Baker DG, editor. Flynn’s Parasites of Laborator y Animals. Ames: Blackwell; 2007. 813 pp.
Fox JG, Anderson LC, Lowe FM, Quimby FW, editors.
Laborator y Animal Medicine. 2nd ed. San Diego: Academic Press; 2002. 1325 pp.
Percy DH, Barthold SW. Pathology of Laborator y Rodents and Rabbits. Ames: Iowa State University Press; 2007. 325 pp.
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